一、DAPI

1.特点：

DAPI是一种具有高亲和力的荧光染料，能特异性地结合DNA，尤其是双链DNA。它在紫外光(UV)激发下发射蓝色荧光(大约460 nm)。

2.原理：

DAPI通过嵌入到DNA的双链结构中来结合DNA，形成荧光复合物。

由于DAPI的结构特征，它在结合DNA后具有较强的荧光发射，适合于细胞核的染色和观察。DAPI和双链DNA结合后产生的荧光较强，但和单链DNA结合后产生的荧光较弱。DAPI常用于固定细胞的染色。DAPI也可用于细胞凋亡的检测，同样可以使用荧光显微镜或流式细胞仪进行检测。

3.应用：

细胞核染色：由于其特异性地与DNA结合，DAPI常用于细胞核的标记。

荧光显微镜观察：DAPI常用于荧光显微镜下的细胞核可视化，特别是在紫外光下观测细胞分裂、凋亡等现象。

细胞计数和核数目分析：可以用于细胞计数及分析细胞的核形态。

二、Hoechst 33258 和 Hoechst 33342

1.特点：

Hoechst是非嵌入式荧光染料，可以穿透活细胞的细胞膜，然后在AT序列富集的DNA小沟处结合DNA，对细胞的毒性较低。

Hoechst 33258和Hoechst 33342都是基于相同的化学结构，但它们的细胞穿透性略有不同。Hoechst 33342的细胞毒性小于Hoechst 33258，Hoechst 33258适合于固定的细胞样本，而Hoechst 33342则可以在活细胞中使用，且更易于穿透细胞膜。

为了避免在观察过程中长时间对细胞染色造成的细胞毒性和诱导凋亡，在染色完成后，可以弃去原有的含有Hoechst的细胞培养基，更换新的培养基。Hoechst的荧光强度高于DAPI，但是荧光稳定性不如DAPI。

2.原理：

Hoechst染料通过插入DNA的A-T富集区域来结合DNA，特异性地标记细胞核。

荧光特性：它们在紫外光照射下发出蓝色荧光(大约460–480 nm)。

3.应用：

活细胞染色：Hoechst 33342可用于活细胞中DNA的染色，因此常用于活细胞的观察和分析。

细胞周期研究：通过结合Hoechst染料可以研究细胞周期中的不同阶段，特别是染色体的分布。

荧光显微镜观察：它们常用于细胞的核染色，特别是在染色体分裂、细胞核形态等方面的研究。

三、Propidium Iodide (PI)

1.特点：

Propidium Iodide是一种常用的红色荧光染料，特异性地结合DNA。

PI只能穿透受损的细胞膜，因此通常用于死细胞或固定细胞的染色。

2.原理：

PI通过插入DNA的双链结构与DNA结合，发出红色荧光(大约620 nm)。

由于PI不能穿透完整的细胞膜，它通常用于区分活细胞和死细胞。在活细胞中，PI无法进入细胞核，而在晚期凋亡和死细胞中，PI则可以进入并与DNA结合，产生红色荧光。PI也常用于检测细胞周期。

3.应用：

细胞存活/死亡分析：常用于区分活细胞和死细胞。在细胞活性测试中，活细胞通常不染色，死细胞则被PI染色。

流式细胞术：PI用于流式细胞术中分析细胞的DNA含量、细胞周期和细胞死亡情况。

组织切片染色：用于固定的组织或细胞样本染色。

四、Acridine Orange (AO)

1.特点：

Acridine Orange是一种能同时与DNA和RNA结合的荧光染料。

在不同的pH条件下，AO的荧光表现出不同的颜色：在酸性条件下，AO染色DNA时呈现红色荧光，染色RNA时呈现绿色荧光。

2.原理：

AO可以嵌入DNA或RNA的双链中，并且在不同的生物大分子中表现出不同的荧光特性。其在DNA中发出红色荧光，而在RNA中则发出绿色荧光。

3.应用：

活细胞染色：AO可用于活细胞的染色，能够快速进入细胞，且不损害细胞的生理状态。

细胞成分分析：用于分辨细胞中DNA和RNA的分布。

细胞死亡检测：AO可以用于判断细胞是否死亡，死亡细胞会表现出不同的荧光特征。