在细胞培养的过程中，细胞污染是最需要被关注的问题，根据污染源的不同，细胞污染主要分为物理污染、化学污染，和微生物污染。细胞培养需要严格控制温度与二氧化碳含量，哺乳动物细胞培养温度一般控制在37℃，但若出现温度不适宜的情况，如过冷或过热，都会导致细胞状态发生改变，甚至引起细胞死亡；在培养过程中应该尽量避免将细胞暴露在放射线以及辐射中，放射线和紫外线会破坏细胞的DNA结构，导致细胞死亡或者发生遗传变异，因此，在进行紫外线杀菌时，要避免紫外线直接照射到细胞培养瓶；此外，细胞培养箱应放置于稳定的场所，若周围发生了强烈的振动，细胞可能会受到机械损伤。
在细胞培养的环境中，可能存在一些对细胞有害的化学物质，如培养基、水、试剂等。培养基中的某些成分不纯或者浓度出现问题，都可能影响细胞的生长，甚至产生毒性作用；在细胞培养过程中，水或试剂中的杂质混入细胞中会导致细胞状态的改变或引起细胞死亡；处理细胞时使用的试剂、酶、血清等，如果质量不合格，也会影响细胞的生长。
图1 细胞酵母污染
