在免疫治疗中，单细胞功能蛋白组学技术虽具有显著优势，但也存在一些局限性，主要体现在技术灵敏度、通量、成本、数据分析复杂度、样本处理难度以及抗体依赖性等方面：
1.技术灵敏度限制：单细胞中的蛋白质数量极为稀少，传统蛋白质分析方法难以检测到所有目标蛋白质，尤其是低丰度蛋白质容易被忽视，影响对细胞功能全貌的准确解析。
2.通量与灵敏度的平衡难题：单个细胞样本量极小，如何在保证高灵敏度的同时实现高通量分析，是当前技术面临的核心挑战。高通量需求与检测灵敏度之间存在矛盾，制约了大规模样本处理能力。
3.成本与操作复杂性：技术实施需要高度专业化的设备和试剂，导致检测成本居高不下。同时，复杂的实验流程和数据分析要求增加了操作难度，限制了其在临床中的广泛应用。
4.数据分析挑战：单细胞蛋白质组学产生的数据量庞大且复杂，如何从海量数据中提取有意义的信息，尤其是识别低丰度蛋白质和翻译后修饰，仍是亟待解决的技术瓶颈。
5.样本处理的技术瓶颈：细胞裂解、蛋白质提取和消化等步骤容易引入样本损失，影响分析结果的准确性。传统方法中蛋白质表面吸附导致的丢失问题，进一步限制了对细胞内蛋白质的深度探测。
6.抗体依赖性限制：基于抗体的检测技术受限于抗体的可用性和特异性，可能无法覆盖所有目标蛋白质。此外，抗体批次间的差异也可能影响检测结果的重复性和可靠性。
