一、传统检测方法

1.涂片镜检：将待检样本制成涂片，经染色处理后在显微镜下观察，可直接观察细菌的形态、大小、排列方式等特征。若发现典型细菌形态，可初步判断细菌种类。该方法操作简便快速，无需特殊仪器设备，能对形态特殊的病原体进行直观检查，根据镜检结果可初步做出诊断。但其敏感性低，不能鉴定到菌种，且非常依赖检验工作人员的经验。

2.分离培养与生化反应：分离培养主要用于存在多种细菌时需分离其中一种细菌的情况，多用于痰液、粪便、血液、体液等样本。将样本接种在适宜的培养基上，创造适合细菌生长的条件，观察细菌是否生长以及菌落的形态、颜色、大小等特征，再通过进一步的生化试验确定细菌的种类。该方法是细菌检测的“金标准”，在病原体检测方面具有重要地位，操作简单，结果直观，特异性强，同时可做药敏试验指导临床用药。但存在实验周期长、步骤繁琐等问题，在突发公共卫生事件中无法做到大规模快速检测，且对于一些运输途中受损的病原菌（死亡的或者活的不可培养状态），传统细菌培养技术会导致这类致病菌漏检。

二、分子生物学检测方法

1.PCR检测：常用的细菌核酸检测技术，通过检测细菌的特定基因片段来确定细菌的存在和种类，具有快速、灵敏、特异性高的特点。例如，针对荧光假单胞菌特异位点gyrB基因建立标准曲线，DNA浓度与Ct值呈良好线性关系，设计的引物与探针对除荧光假单胞菌以外的假单胞菌、常见食源性致病菌均无扩增，无假阳性，特异性好。不过，PCR检测菌落数结果会受到死菌株数的影响，在现实生产中对食品提取可PCR扩增的DNA难度较大，易被食品体系中因素影响精确度。

2.实时PCR（real-time PCR）：通过监视插入染料、荧光标记引物或序列特异性探针产生的荧光，可在整个热循环过程中的计算机屏幕上观察每个DNA扩增周期。特异性探针有助于提高特异性、提高灵敏度，real-time PCR检测的好处超过传统的端点检测方法，包括动态范围大，交叉污染的风险降低，可扩展以用于高通量应用，并有可能精确目标量化。其另一个主要优点是不需要琼脂糖凝胶电泳可视化扩增的目标DNA，大大缩短了分析时间。

3.基因芯片技术：通过微阵列技术，将高密度DNA片段以一定的顺序或排列方式使其附着在固相表面，以同位素或荧光标记的DNA探针，借助碱基互补杂交原理，进行大量基因表达及监测等方面研究。将基因芯片技术应用到病原微生物的诊断中，可明显缩短诊断时间，同时还能检验出病原体是否存在耐药性，以及对哪些药物耐药，对哪些药物敏感等，从而为临床用药提供参考。但该项技术的制作成本较高，芯片检测的敏感性和特异性也需提高，需要简化样品制备和标记操作，所以该项技术还主要用于实验室研究，未能在临床中得到广泛应用。

4.核酸探针技术：病原微生物中具有互补序列的核苷酸单链在细胞内融合形成异质双链的过程，通过核酸与探针发生化学反应进行杂交，从而对病原微生物进行鉴定。目前主要有核酸原位杂交和膜上印迹杂交。核酸原位杂交是指病原体细胞中的核酸与标记探针进行杂交。膜上印迹杂交是指实验人员将病原体细胞的核酸分离出后，将其进行纯化后与固相支持物相结合，然后与核酸探针进行杂交。该技术具有操作方便、快速的优点，而且适用于敏感、特异的病原微生物。

5.二代测序（NGS）方法：通过对宏基因组的二代测序，可以检测出细菌的感染。但人体本身正常组织当中可能携带一些细菌，比如皮肤、呼吸道、泌尿系统、阴道等部位本身有正常细菌的寄生，如果这些部位的标本去测序，可能出现细菌的污染。所以二代测序的方法通常对无菌的体液检测更可靠，比如胸水、腹水以及血的检测，检测后还要结合患者的临床表现分析是哪一类细菌感染，以及检测出的细菌是否是致病菌。

三、免疫学检测方法

1.酶联免疫吸附试验（ELISA）：基本原理是用酶标记抗体，然后将已知的抗原或抗体吸附在固相载体表面，使抗原抗体反应在固相载体表面进行，最后用洗涤法将液相中的游离成分清除，通过酶作用与底物显色来判断结果。该方法操作简单、不存在同位素和放射性污染，检测试剂也可长时间保存。与传统的检测技术相比，其优势在于灵敏度较高、检出速度较快、操作成本较低以及普及效果较好，目前已广泛用于细菌、真菌、病毒和寄生虫的快速检测。但该技术存在着交叉反应、容易出现假阳性或假阴性结果等缺陷。

2.免疫磁珠技术：可以快速富集乳制品中低浓度的菌，通过结合PCR、ELISA等方法可以达到快速、准确的检测目的。