定量蛋白质组学技术主要分为标记（label）和非标记（labelfree）
定量策略，标记策略又分为体内标记和体外标记两种。细胞内蛋白质组丰度的动态变化对各种生命过程有重要影响。例如在许多疾病的发生和发展进程中，常常伴随着某些蛋白质的表达异常。定量蛋白质组学就是把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的混合体系中所有的蛋白质进行精确的定量和鉴定。
常用的定量蛋白质组学技术方法有以下几类：
1.非标记（labelfree）的定量蛋白组学技术
Label free定量蛋白组学技术是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。
2.TMT定量蛋白组学技术
TMT(Tandem Mass Tags)定量蛋白质组学技术是分别由美国Thermo
Fisher公司研发的多肽体外标记定量技术。这种技术采用多个（2-10）稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团进行串联质谱分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量，可用于研究不同病理条件下或者不同发育阶段的组织样品中蛋白质表达水平的差异。
3.iTRAQ定量蛋白组学技术
iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)定量蛋白质组学技术是美国AB Sciex公司研究的多肽体外标记定量技术。这种技术同TMT定量蛋白组学技术相似，可研究不同病理条件下或者不同发育阶段的组织样品中蛋白质表达水平的差异。
4.SILAC标记定量蛋白质组学技术
SILAC定量蛋白质组学技术实验流程是：细胞培养基中加入轻、中或重型稳定同位素标记的必需氨基酸赖氨酸(Lys)和精氨酸(Arg)，在细胞生长过程中使新合成的蛋白会带上稳定同位素标签。等量混合各类型蛋白质,酶解后进行质谱分析。通过比较一级质谱图中不带标记/带同位素标记质谱峰型的面积大小进行相对定量，同时二级谱图对肽段进行序列测定从而进行蛋白鉴定。
5.SWATH定量蛋白组学技术
SWATH定量蛋白组学技术作为一种DIA (Data Independent Acquisition)技术，将整个质谱扫描质量范围分为若干小窗口，依次对每个窗口的所有离子进行碎裂，使其能够对扫描区间内的所有肽段离子进行高速一级MS扫描再进行二级MS/MS分析。因此，SWATH能够对复杂样品中几乎所有可检测的分子进行定量测定。SWATH综合了shotgun proteomics高通量检测的特点与精准定量分析的优势，是真正意义上的全景质谱检测手段MS/MS ALL。
