Denovo测序的主要是在提取未知肽段后，通过组装成完整的蛋白质序列去分析并揭示其结构和功能。
从生物样本中提取并纯化蛋白质后，通过酶解等方法将其切割成肽段，这些肽段又通过质谱去生成肽段序列，之后将质谱分析得到的肽段序列组装成完整的蛋白质序列。
在确定了蛋白质序列之后可以基于算法预测蛋白质结构，进而研究其与其他分子的相互作用。
此外，在测序过程中可能会发生拼接错误等问题，为了确保测序结果的准确性，在测序之前对样品进行充分的准备，以及正确处理样品都是很有必要的。
Denovo测序样品的准备：
Denovo测序可以用于多种样本，为了使测序结果更加准确，对于不同的样本有不同的要求，不同的测序目标也对应着不同的样本处理方法，并且质谱仪的灵敏度也对样品量有着不同的需求。
当进行蛋白质全场测序与抗体测序时，可以检测的样品类型有很多，包括重组蛋白、单克隆抗体、抗体偶联药物，以及多肽药物；样本的状态一般为液体、干粉，或者胶条；测序的样品量主要取决于质谱仪的灵敏度以及样品的纯度，高纯度的样品能够提高特定肽段信号的检测灵敏度，因此样品纯度应不低于90%，样品量应不低于100 μg。
在使用重组蛋白样品进行测序时一般需要提供其是否含有二聚体或多聚体的信息，同时，样品的保存于运输也会影响最终的结果，胶条样品应该与冰袋或干冰一起运输，液体类样品应该保存在-20℃，并且随冰袋或干冰运输，干粉类样品可以常温或与冰袋一起运输。
