1.生物学分型

生物学分型系指通过生物化学反应和某些生物学性状的不同对细菌进行的分型。

传统生化分型主要使用API 20E 系统、VITEK 2 AES系统等生化鉴定系统，是根据致病菌的生理生化特征进行的一种分型方法，目前多数微生物学实验室均能用手工或自动化系统进行这项检测，生物分型一般很可靠，并能有效地检出多种异常菌种而确定流行病的爆发，但此法的分辨力较差仅能区别差异较明显菌株。

2.抗菌药物敏感谱分型

抗生素药敏谱分型是利用细菌对某些抗菌药物耐药性的差异，达到分型的目的。

抗生素药敏谱分型，具有易于操作，简便，快捷的特点，可在日常细菌鉴定工作中完成，并有较为统一的标准，抗生素耐药性分型通常使用纸片扩散法和自动生化鉴定系统分析致病菌对不同抗生素的敏感程度，从而进行系统的分型，并可将菌株分为耐药、中等耐药和敏感3 种类型，在指导临床用药中起到了重要作用。

3.血清学分型

血清学分型是一种常见的分型溯源手段。

传统的血清学分型技术需要针对致病菌的特异性抗原制备相应的抗血清，通过凝集实验进行分型的一种分型方法，但根据凝集试验表明的结果无法对大量致病菌进行精准的分型研究。

随着测序技术的发展，越来越多的血清学分型开始基于全基因测序进行分型溯源的研究，以提高血清学分型的分辨率。

4.噬菌体分型和细菌素分型

一种噬菌体只能裂解一种或与该种相近的细菌，具有高度特异性，故可用于细菌的鉴定和分型。

细菌素是由细菌产生的有杀菌或抑菌作用的物质，它主要含有具生物活性的蛋白质部分，对同种近缘菌株呈现狭窄的活性和抑制谱，附着在敏感细胞特异性受点上。

利用细菌素或与噬菌体方法相结合，可以有效地进行某些细菌的分型和病原菌的流行病学检查。

这种方法可用于金黄色葡萄球菌、沙门菌、铜绿假单胞菌及霍乱弧菌等的分型，其分型技术要求较高，且实验结果的差异较大，有的菌株尚不能分型。

5.电泳蛋白分型和免疫印迹法

电泳蛋白分型时首先分离菌体或细菌表面蛋白，以SDS-PAGE法将蛋白分子分开，染色后观察所形成的条带。

免疫印迹法则将已分开的细菌产物转移至硝基纤维素薄膜上，并加人菌株的特异抗血清或混合人血清作为广谱抗体，几乎所有菌株均可按这种技术进行分型。

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分型(MALDI-TOF-MS)质 辅 助 激 光 解 吸 电 离 飞 行 时 间 质 谱 法分型是一种快速、廉价、可靠的蛋白质分型方法, 是一种新型的分型技术。

MALDI-TOF-MS 可以通过准确识别菌株特异性生物标记物来区分亚种，如多肽标记物等。MALDI-TOF-MS分型方法的主要问题是较难确定质谱峰相对应的蛋白质信息，因此需要大量的研究工作对质谱库及蛋白质库进行扩展。

6.质粒分析(plasmid analysis)

质粒是细菌染色体外的遗传物质，为环形闭合的双股DNA，存在于细胞质中，质粒编码非细菌生命所必需的某些生物学性状，如性菌毛、细菌素、毒素和耐药性等。

质粒具有可自主复制、传给子代、也可丢失及在细菌之间转移等特性与细菌的遗传变异有关。

它具有快速、简单、有效等特点，广泛应用于葡萄球菌和一些肠杆菌属的分型。

7.测序技术

16s rRNA 或ITS 基因PCR 结合测序技术已经在微生物属种层面鉴定和分型领域有了广泛的应用，其基本流程是在提取肠微生物基因组后，利用PCR技术扩增16s rRNA片段，通过高通量测序测定出所有扩增产物序列，然后将这些序列按照一定的相似性标准进行聚类，即通常按照97%的相似性阈值将序列划分为不同的可操作单元(OTU)，每一个可操作单元通常被视为一个微生物物种。

但是由于测序技术的误差及16s rRNA基因在微生物细胞内拷贝数的差异，该技术多用于微生物的种属鉴定，在菌株层面上的分辨率具有一定的局限性，应用较少。

8.聚合酶链反应(PCR)

聚合酶链反应(PCR)或定量PCR检测分子生物技术在临床已普遍应用，为病原微生物的鉴定和分型提供了新的检测手段。

PCR能对细菌特异性的基因区域进行扩增并比较细菌间的不同变化和耐药特性，被检测的这些特异性区域常用特异性引物进行扩增，将扩增产物通过各种方法进行分析。

目前，PCR技术已经衍生出多种相关技术应用于微生物分型及检测领域。

PCR检测因标本用量少、直接针对微生物特异DNA片段以及无需培养再现病原菌等特点而受青睐。但是PCR技术本身的缺陷易造成假阳性或假阴性结果。

9.扩增限制性片段长度多态性分析(ARLP)

扩增限制性片段长度多态性分析(AFLP)是一种基因指纹技术，其原理是对经内切酶消化的DNA片段进行选择性的扩增，最初该方法主要用于鉴定植物基因的特性，近来，也用于细菌的DNA分型中。

AFLP优点是多态性丰富、不需要知道被测微生物的全基因组序列、不受环境影响、无复等位效应、且具有带纹丰富、用样量少、灵敏度高、快速高效等优点。

缺点是试验所需时间较长(约3日)、所用仪器设备较昂贵，限制了其在一般实验室的推广应用。

10.多位点序列分型(MLST)

多位点序列分型(MLST)技术是1998年提出的一种基于可移植核酸序列测定的细菌克隆关系鉴定方法, 已被证明适用于许多细菌物种。

如今至少100 个物种的相关信息已被收录在MLST等位基因在线数据库中， 并且在不断地更新完善。该技术通过对多个看家基因进行测序，比较不同标本的等位基因多样性并将每一个组不同的等位基因的排列组合作为一个基因型。

MLST优点是可高度自动化，所得数据非常清晰，可进行不同实验室的数据参比，可用于难培养微生物的研究。

缺点在于要预先知道待测微生物的基因组序列，以便推测该物种的决定基因，并进行合理的引物设计