可能影响 marker 运行的因素分析
（一）电泳设备与参数设置方面
1. 电压、电流设置不当
电压和电流是电泳实验中的关键参数，它们直接决定了 marker 的运行速度和分离效果。如果电压设置过高，marker 可能会因为过快的迁移速度而过度扩散，导致条带模糊不清；而电压过低则会使 marker 运行缓慢，甚至无法正常迁移。
操作建议：
选择合适的电压： 一般来说，对于 DNA 电泳，电压设置在 5 - 10 V/cm（电泳槽长度）是比较合适的。例如，如果电泳槽长度为 10 cm，电压可以设置在 50 - 100 V。对于蛋白质电泳，电压通常在 100 - 200 V 之间。
根据凝胶类型调整： 不同类型的凝胶（如琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶）对电压的耐受性不同。琼脂糖凝胶适合较低的电压，而聚丙烯酰胺凝胶可以承受较高的电压。
逐步调整电压： 在实验开始时，可以先设置较低的电压，观察 marker 的运行情况，然后根据需要逐步调整电压，直到 marker 运行顺畅且条带清晰。
2. 电泳时间不足或过长
电泳时间的长短直接影响 marker 的迁移距离和分离效果。如果电泳时间过短，marker 可能无法充分迁移，导致条带堆积在加样孔附近；而电泳时间过长则可能导致 marker 过度扩散，条带模糊。
操作建议：
预估电泳时间： 根据 marker 的大小和凝胶的浓度，预估一个合理的电泳时间。一般来说，DNA marker 在琼脂糖凝胶中的电泳时间通常在 30 - 60 分钟之间，而蛋白质 marker 在聚丙烯酰胺凝胶中的电泳时间可能需要 1 - 2 小时。
观察 marker 运行情况： 在电泳过程中，可以通过观察 marker 的运行情况来判断是否需要调整电泳时间。如果 marker 的条带已经清晰可辨，且迁移距离合适，就可以停止电泳。
记录实验参数： 每次实验后，记录电泳时间、电压等参数，以便在后续实验中参考和调整。
3. 电泳槽内缓冲液问题
缓冲液是电泳实验中的重要组成部分，它维持了电泳过程中的 pH 值和离子强度，对 marker 的运行至关重要。缓冲液的浓度、新鲜度、温度等因素都会影响 marker 的运行效果。
操作建议：
正确配制缓冲液： 确保按照试剂盒或实验方案的要求准确配制缓冲液。例如，TAE 缓冲液常用于 DNA 电泳，其配制比例通常为 40 mM Tris, 20 mM 醋酸钠, 1 mM EDTA。
检查缓冲液新鲜度： 缓冲液在使用一段时间后会逐渐失效，影响电泳效果。建议每次使用前检查缓冲液的外观和 pH 值，必要时更换新鲜的缓冲液。
控制缓冲液温度： 电泳过程中，缓冲液的温度应保持在室温左右。如果温度过高，可能会导致凝胶熔化或 marker 运行异常。可以在电泳槽内放置温度计，确保温度在适宜范围内。
（二）凝胶制备环节
1. 凝胶浓度不合适
凝胶的浓度直接影响 marker 的分离效果。不同浓度的凝胶对不同大小的 marker 有不同的分离能力。如果凝胶浓度过高，marker 可能无法正常迁移；而凝胶浓度过低，则可能导致 marker 分离效果不佳。
操作建议：
选择合适的凝胶浓度： 根据 marker 的大小范围选择合适的凝胶浓度。例如，对于 DNA marker，常用 1% - 2% 的琼脂糖凝胶；对于蛋白质 marker，常用 8% - 15% 的聚丙烯酰胺凝胶。
参考 marker 的说明书： 不同品牌的 marker 可能对凝胶浓度有不同的要求，建议参考 marker 的说明书进行选择。
实验优化： 如果不确定最佳凝胶浓度，可以通过预实验进行优化，尝试不同的凝胶浓度，观察 marker 的运行情况，选择最佳条件。
2. 凝胶制备过程中的问题
凝胶制备过程中的细节问题也会影响 marker 的运行。例如，凝胶灌注不均匀、凝胶孔隙过大或过小等，都会导致 marker 运行轨迹异常或速度不一致。
操作建议：
确保凝胶灌注均匀： 在灌注凝胶时，要确保凝胶液均匀分布，避免出现气泡或凝胶厚度不一致的情况。可以使用专业的凝胶灌注装置，确保凝胶液平稳注入。
检查凝胶孔隙大小： 凝胶孔隙大小应与 marker 的大小相匹配。如果孔隙过大，marker 可能会快速通过，导致分离效果不佳；如果孔隙过小，marker 则可能无法正常迁移。可以通过调整凝胶配方或制备条件来控制孔隙大小。
避免凝胶过热或过冷： 凝胶在制备过程中应保持在适宜的温度范围内。过热可能导致凝胶提前凝固，影响灌注效果；过冷则可能导致凝胶凝固不完全，影响电泳效果。
3. 凝胶老化或保存不当
凝胶在制备后如果保存不当，可能会老化，影响其性能。老化的凝胶可能会导致 marker 运行受阻，甚至出现凝胶断裂或变形的情况。
操作建议：
妥善保存凝胶： 凝胶在制备后应尽快使用，如果需要保存，应将其放置在密封的容器中，避免暴露在空气中。对于琼脂糖凝胶，可以在 4°C 下保存；对于聚丙烯酰胺凝胶，可以在室温下保存，但应避免光照。
检查凝胶状态： 在使用前，检查凝胶的状态，确保其没有出现老化、变形或凝胶断裂等情况。如果发现问题，应重新制备凝胶。
（三）marker 本身的质量与处理问题
1. marker 的质量差异
不同品牌、不同批次的 marker 质量可能存在差异。一些低质量的 marker 可能会出现条带不清晰、迁移速度异常等问题，影响实验结果。
操作建议：
选择质量可靠的 marker： 建议选择知名品牌、经过验证的 marker 产品。在购买时，可以参考其他科研人员的评价和建议。
检查 marker 的有效期： 确保 marker 在有效期内使用。过期的 marker 可能会因为成分降解而影响性能。
对比不同品牌： 如果条件允许，可以购买不同品牌的 marker 进行对比实验，选择性能最佳的产品。
2. marker 的保存与使用
marker 的保存和使用方法也会影响其性能。不当的保存和使用可能导致 marker 失效或运行异常。
操作建议：
正确保存 marker： 根据 marker 的说明书要求进行保存。一般来说，marker 应保存在 4°C 的冰箱中，避免反复冻融。
使用前检查： 在使用前，检查 marker 的外观和状态，确保其没有出现沉淀、变色等异常情况。
稀释比例： 如果需要稀释 marker，应严格按照说明书的要求进行操作，确保稀释比例准确。稀释后的 marker 应尽快使用，避免长时间存放。
3. marker 与样品混合问题
在将 marker 与样品混合时，混合不均匀或加入量不准确也会影响 marker 的运行效果。
操作建议：
确保混合均匀： 在将 marker 与样品混合时，要确保混合均匀。可以使用微量移液器轻轻吹打混合，避免剧烈振荡导致样品降解。
准确加入 marker： 根据实验要求，准确加入适量的 marker。一般来说，marker 的加入量应占样品总体积的 10% - 20%。例如，如果样品体积为 20 µL，marker 的加入量应为 2 - 4 µL。
避免过量加入： 过量 marker 会使条带过宽，掩盖样品条带。按实验要求控制加入量，不确定时先做预实验。加入 marker 时动作轻柔，避免气泡，加入后再次轻轻吹打混合。
混合后静置： 混合均匀后，室温静置 1 - 2 分钟，让 marker 和样品充分扩散融合，提高均匀性。
加入凝胶孔操作： 用干净移液器将混合物缓慢加入凝胶孔底部，避免气泡。加入后不要立即移动凝胶，让混合物自然扩散。如有气泡，轻轻吹打排出，不破坏凝胶孔结构。
标记加样孔： 加入 marker 和样品后，用电泳图标记加样孔位置，用不同颜色笔或特殊标记区分，确保清晰准确，便于后续分析。
以上步骤可有效避免 marker 与样品混合问题，确保电泳结果准确可靠。
