一、产物直接纯化
PCR扩增完成后需要进行琼脂糖凝胶电泳检测，在条带单一无其他杂带的情况下，可以直接对产物进行纯化，常见的纯化方法有：
1、硅胶层析柱法
原理：大多数离心柱中吸附DNA的是一层硅胶膜，实际上就是一层玻璃纤维，其表面有大量修饰的硅羟基（Si-OH），硅羟基在溶液中解离后带负电，然后与带正电盐离子、带负电DNA形成电桥，从而吸附住DNA，使得DNA双链变单链，不会被生物大分子溶剂洗脱，但能经水溶性缓冲液水化后，被定量回收，从而实现纯化分离。
图1 硅胶层析原理示意图
图2 硅胶层析流程简图
GBCBIO® C2105-PCR/酶切产物纯化试剂盒 DNA-Pure Kit 采用独特的离心吸附柱纯化酶切、PCR等反应溶液中的DNA片段，同时除去蛋白质、其它有机化合物、无机盐离子及寡核苷酸引物等杂质。本试剂盒适用于回收100 bp–40 kb ，起始量为1-5 μg的DNA片段，回收率可达80%以上（<100 bp 或>10kb 的DNA片段回收率为30－50%）。使用本试剂盒回收的DNA 可适用于各种常规操作，包括酶切、PCR、测序、文库筛选、连接和转化等实验。
2、磁珠法
原理：磁珠是有磁性的能吸附DNA的物质，其内部核心是铁离子，在磁场作用下可以吸附在磁体上。在核心外，经过羧化，带有羧基基团，在特定的离子条件下，可以与DNA结合。结合后，在外磁场的作用下，磁珠与DNA结合体移动到磁体周围，可以很方便去除其他多余的液体，这时，不能与磁珠结合的所有杂质都随水溶液一并去除。然后，在洗脱条件下，DNA与磁珠分离，溶解在水中，将溶解有DNA的溶液转移，就得到了纯化后的DNA样本。
图3 磁珠法结构示意图
图4 磁珠法纯化DNA流程简图
GBCBIO® R1205-病毒DNA-RNA纯化试剂盒 Virus DNA-RNA Isolation Kit 试剂盒是专门用于从血浆、无细胞体液、病毒原液和感染病毒的组织中提取各种病毒（Virus）RNA/DNA 的小量纯化试剂盒。试剂盒采用了独特的病毒裂解系统，由病毒裂解液裂解病毒释放 RNA 或DNA，再结合核酸制备膜技术纯化 RNA 或 DNA，适用于各种 RNA 或 DNA 病毒的核酸提取。本试剂盒具有高效、快速、方便之特点，病毒裂解后，提取操作仅需 20 分钟便可完成。本试剂盒配有 Carrier RNA可提取样品中微量的 RNA/DNA，提取得到的 RNA 可用于RT-PCR 反应、Northern 杂交等多种分子生物学实验。
3、其他纯化方法
①渗透液结合醇沉纯化
原理：利用分子大小不同，小分子的物质能够通过渗透膜溶解到大量的溶液中去，而大分子的物质不能通过渗透膜，所以继续留存在透析袋中，通过乙醇沉淀最后达到去除小分子物质，得到纯化的有机大分子的效果。
②直接沉淀纯化
原理：DNA分子在高盐离子醇溶液中会被沉淀出来，而其他物质继续溶液在溶液中，沉淀出来的DNA分子经过离心与溶液成分分开，达到纯化的目的。 不同纯化方法对比
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硅胶层析柱法 |
磁珠法 |
渗透液纯化 |
沉淀纯化 |
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纯化介质 |
硅胶膜 |
磁珠 |
渗透膜 |
乙醇/异丙醇 |
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优势 |
操作简便、快速、安全，产物纯度高随时用于下游实验 |
产物纯度高；通量高，可实现自动化；操作简便、快速、安全；高灵敏度 |
样本处理体积灵活，产量高，成本低 |
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劣势 |
存在堵柱风险；对样本起始量有限制；难以实现自动化操作，大批量处理费时费力；小于100bp的DNA片段难以吸附 |
需要搭配磁力架或者仪器使用，成本较高；部分DNA难以被抓取导致回收率低；小于100bp的DNA片段难以吸附 |
安全性低，无法进行高通量提取、纯度较低 |
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选择依据 |
样本起始量较充足，但数量不多，需要操作简便省时，且提取出的DNA能用于绝大多数下游实验的实验室 |
下游需要高纯度的DNA，需要大批量处理，能够支持自动化提取的实验室 |
时间充足，样本量充足，想节省成本的实验室 |
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二、凝胶回收纯化
如电泳检测结果存在非特异性条带，则需要将目的条带切出来，再用胶回收试剂盒对凝胶进行回收纯化，相较于直接纯化，只是多了一步溶胶的过程，相应的产物纯度提高，回收率则下降。
GBCBIO® C1105-琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒 Gel Extraction Kit 适合于从各种浓度各种类型的琼脂糖凝胶中回收100bp-20Kb的DNA片段，回收效率高达85%。纯化过程不需要用到任何危险的有机物抽提或耗时的乙醇，异丙醇沉淀。纯化产物可直接用于做连接、PCR、测序、限制性酶切，或者各种各样的标记反应。该试剂盒也适合于从酶切产物，PCR产物中高效回收DNA。
