一、未回收或回收率低
1.问题分析：
凝胶胶块未完全溶解，导致DNA无法释放。
上样量过少，DNA总量不足。
电泳缓冲液或溶胶液的pH值不适合，影响DNA的吸附效果。
洗脱体积偏少或洗脱不完全。
回收的DNA片段大小对回收率有影响，小片段（如300bp以下）和大片段（如4-5kb以上）的回收率通常较低。
2.解决方案：
延长水浴时间和增加上下颠倒次数，确保凝胶胶块完全溶解。
增加上样量以提高回收率，但需注意不要超过吸附柱的容量。
调整溶胶液的pH值至适宜范围，通常建议pH值在7.0-8.5之间。
按照试剂盒说明书加入合适的洗脱体积，并在洗脱前进行温浴以提高洗脱效率。
对于小片段和大片段的DNA，可以采取增加回收总量、分多次回收或调整实验条件等方法来提高回收率。
二、外源DNA污染
1.问题分析：
切胶过程中使用的刀片、台子等工具未彻底清洁或灭菌。
电泳缓冲液或凝胶中存在外源DNA。
2.解决方案：
确保切胶过程中使用的所有工具都经过彻底清洁和灭菌处理。
使用新鲜配制的电泳缓冲液和凝胶，以减少外源DNA的污染。
三、凝胶不溶
1.问题分析：
琼脂糖质量不好。
含目的片段的凝胶在空气中放置过久导致失水干燥。
制胶的电泳缓冲液浓度过高或陈旧。
2.解决方案：
使用质量可靠的琼脂糖制备凝胶。
切胶后立即进行回收或将胶块保存在适当的温度下（如4°C或-20°C）以防止失水干燥。
使用新鲜配制的电泳缓冲液制胶以提高凝胶的溶解性。
四、洗脱液中不含DNA
1.问题分析：
漂洗液中未加入指定体积的无水乙醇，影响DNA的吸附和洗脱。
洗脱液未正确加入离心柱中，或加入量过少。
洗涤步骤不彻底，导致漂洗液残留。
2.解决方案：
确保按照试剂盒说明书加入指定体积的无水乙醇。
洗脱液应准确加入离心柱的膜中央，并静置一段时间以确保充分洗脱。
在洗脱前，通过再次离心或置于适当温度下（如50°C）烘烤一段时间，彻底去除漂洗缓冲液中的残留。
五、DNA纯度不高
1.问题分析：
试剂和回收液没有充分混匀。
洗脱液体积过大，导致回收浓度过低。
回收过程中存在其他杂质污染。
2.解决方案：
加入每个试剂后都要充分混匀，以确保反应完全。
控制洗脱液体积在适宜的范围内（如30-50μl），以提高回收浓度。
在回收过程中注意无菌操作，避免其他杂质污染。
其他注意事项
1.选择合适的梳子：跑胶时选择梳齿宽、薄的梳子，以便更好地分离DNA条带。
2.精准切胶：在紫外照射下快速切胶，避免DNA变性。使用干净的刀片，只切下含有DNA条带的胶块。
3.提前温浴洗脱液：将洗脱液提前在适宜的温度下（如55°C-65°C）温浴，可以提高洗脱效率。
4.挥发酒精：在加入洗脱液前，将吸附柱开盖放置一段时间，让残留的乙醇挥发，以减少对后续实验的影响。
总结
胶回收和DNA片段纯化过程中遇到的问题多种多样，但大多数问题都可以通过仔细操作、遵循实验步骤和注意事项来解决。在进行实验时，应确保所有试剂和工具都经过适当的处理和准备，以减少外源DNA的污染和提高回收效率。同时，针对不同的问题采取相应的解决方案也是非常重要的。
