1、磁珠该怎么保存和运输?
a.2-8℃冷藏保存
通常冷藏柜或冰箱内温度并不均匀,尤其夏天更明显;部分冰箱开启自动除霜功能,冰箱壁和箱体中部的温度也会有显著差异。
磁珠试剂瓶放置于冰箱2-8℃保存时,要注意试剂瓶不能贴壁,避免冰箱启用除霜功能时造成悬液结冰失效。磁珠试剂瓶宜置于冰箱中部,避免靠壁。
b.避免长时间室温放置
长时间常温放置也会影响磁珠的回收性能,因此磁珠用完后请及时放回4℃,特别是一些免疫蛋白或链霉亲和素修饰的磁珠。
c.避光保存
一些磁珠需要避光保存,如修饰有荧光基团的磁珠。
d.避紫外线
室温平衡时应避免阳光直射,以防紫外线损伤;使用中也应避免紫外光照。
e.冷链运输
推荐冷链2-8℃运输。小包装产品用泡沫盒子加冰袋也能短时间运输,但冰袋和磁珠试剂瓶/管之间需用传热性能低的泡沫或塑料隔开,避免装磁珠的试剂瓶/管直接接触冰袋。
2、磁珠冷冻后会发生什么?
a.磁珠团聚易沉降
冷冻、干燥和离心都会引起磁珠团聚而无法再分散,导致磁珠性能失效。
b.结构破坏,性能失效
过低的温度(如-20℃)会破坏磁珠结构及表面修饰,影响磁珠抓取效率。
ⅰ.纯化磁珠DNA回收效率低,回收特异性下降,回收得到的DNA杂质多。
ⅱ.oligdt磁珠失去效能,不再特异性抓取mRNA,建库得到的文库为总RNA文库。
ⅲ.链霉亲和素磁珠失去效能,杂交捕获洗脱得到的文库捕获效率及低,文库浓度偏高。
3、免疫磁珠在使用过程中出现聚集或挂壁情况的原因?
a.正常情况
免疫/链霉亲和素磁珠具有带负电荷的表面,磁珠在低pH的洗脱缓冲液中发生聚集属于正常现象,不影响磁珠的正常使用。
b.非正常情况
ⅰ.可能是由于β-巯基乙醇、DTT、pH差值大等因素,影响磁珠的均一性,使得磁珠粘稠,导致聚集成块或出现挂壁的现象。
ⅱ.磁珠pH值异常
磁珠的pH值可能会因为受到酸碱性物质的影响而发生变化,导致结块。在使用磁珠时,要注意保持合适的pH值。
ⅲ.离心过久
在洗涤步骤中,磁珠离心时间过久,可能导致磁珠颗粒间的结合力增强,形成结块。磁珠在磁场中放置太久也会使磁珠牢固的结合在一起。
4、如何解决磁珠易粘附管壁的现象?
粘性可能是由于磁珠之间或磁珠与管壁之间的静电相互作用造成的。通常,建议使用低吸附率的耗材进行磁珠操作。
另外,建议在进行实验之前,用诸如Tween 20去污剂的非离子去污剂洗涤磁珠。这种处理可以降低磁珠的静电电势。
通常只需将Tween 20去污剂加入到磁珠中,最终浓度可达到0.1%,然后在不含去污剂的缓冲液中重悬并洗涤磁珠,就可以减少或消除这个问题。可能需要在Tween 20溶液中孵育,例如在室温下滚动孵育 5-10分钟。
在缓冲液中添加0.01%~0.1%(v/v)的非离子型去垢剂(如NP-40、Tween-20或TritonX-100)也可以有效降低磁珠对耗材的粘附。
5、磁珠可以吸附ssDNA和RNA吗?
不管双链DNA、单链DNA,还是RNA,都可以在溶液中解离出带负电的磷酸基团,因此都可以用磁珠进行纯化回收,但单链DNA和RNA都没办法进行片段大小筛选。
双链DNA的二级结果一般是一条较稳定的线性双螺旋分子,在PEG的存在下,解离出来带负电的磷酸基团多少和其长度正相关,而RNA和单链DNA,二级结构比较复杂,导致其裸露出来的负电基团无法跟长度呈正相关,所以没办法像DNA那样进行片段筛选。
另外RNA和DNA在不同pH下稳定性不一样,所以纯化RNA的磁珠buffer中pH和纯化DNA的磁珠是不一样的。
6、建库纯化磁珠可以纯化gDNA吗?
可以,但由于大DNA与磁珠结合的非常紧,建议尽量增加洗脱液体积和洗脱孵育时间、建议高温孵育和边洗脱边震荡。
7、用磁珠纯化RNA时,为避免RNA降解,可以放在冰上孵育么?
不可以,一般是置于4℃孵育并适当延长孵育时间。不推荐放置在碎冰上孵育。
8、磁珠的DNA结合能力怎么样?该担心磁珠不够么?
在目前的磁珠体系中,磁珠的吸附能力均为过饱和,不必担心磁珠结合能力不足的情况。根据已知的报道,每1μL磁珠可以结合7μg DNA。
9、如何提高磁珠在免疫沉淀反应中的特异性?
可以先将抗体与样品进行孵育,形成抗体-抗原复合物,再用ProteinA磁珠捕获复合物。
这种方法可以提高抗体与抗原的结合效率,并降低磁珠与样品接触的时间,从而提高沉淀产物的特异性。