今天讲讲：如何做好ChIP
染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是研究体内（划重点鸭，体内）蛋白质与DNA相互作用的一种技术。它利用抗原抗体反应的特异性，可以真实地反映体内蛋白因子与基因组DNA结合的状况。可应用于组蛋白修饰、DNA复制与损伤相关因子结合分析、干细胞调控转录因子及辅因子等基因表达机制的广泛研究。
“为什么我的ChIP实验做出来，结果就是不理想呢？”
经过不断的尝试，总结了一些小小经验，分享给大家，希望能对各位做ChIP的朋友们有所帮助。
为得到理想的ChIP结果，可以做以下实验条件优化：
1.染色质的制备：为了获得足量的染色质，我们的样品准备一定要充足。（IP实验的损耗较大，为保证实验用量，一次准备5×10E7个以上细胞较好）
2.优化交联固定条件：ChIP实验成功与否，直接取决于染色质完整性、抗原表位质量和抗体特异性（抗体一定买好的）。因此优化交联固定条件，富集丰度更高。
3.优化染色质片段化条件：要得到理想的ChIP结果，合适长度和浓度的染色质样品至关重要。（推荐的片段化程度为的染色质片段在150-900bp之间）。
4. 免疫沉淀优化：在ChIP抗体富集优化实验中，使用过多或过少抗体对ChIP结果都有负面影响。
5.蛋白酶K解交联和DNA纯化。
另外，也为大家列举一些疑难杂症及拯救方法：
疑难杂症1：消化的染色质浓度过低
拯救方法：
①如果染色质制备物的 DNA 浓度接近于 50 μg/ml，则向每次 IP 中添加额外的染色质以确保每次 IP 至少产生 5 μg，然后继续实验。
②在交联之前计算备用平板上细胞的数量，以确定准确的细胞数量，在声波处理前后在显微镜下观察胞核，以证实胞核完全裂解。
疑难杂症2：染色质消化不足且片段过大（大于 900 bp）
拯救方法：
①确定甲醛浓度，将交联时间缩短至 10 分钟或更短。
②在交联之前计算平板上细胞的数量，以确定准确的细胞数量；
③适当延长染色质消化时间。
疑难杂症3：样品输入对照组 PCR 反应中无产物
拯救方法：
①向 PCR 反应中添加更多 DNA 或增加扩增循环次数。
②优化实验引物的 PCR 条件或设计小于 150 碱基对的引物扩增。
③为获得最佳 ChIP 结果，每次 IP 添加 5-10 μg 染色质。
