琼脂糖凝胶电泳常用于分离、鉴定核酸，如DNA鉴定、DNA限制性内切酶图谱制作等，为DNA分子及其片段分子量测定和DNA分子构象的分析提供了重要手段。
由于这种方法操作方便，设备简单，需样品少，分辨能力高，已成为基因工程研究中常用方法之一。
琼脂糖是从琼脂中提取出来的，是由D-半乳糖和3、6-脱水-L-半乳糖结合的链状多糖，含硫酸根比琼脂少，因而分离效果明显提高。
琼脂糖电泳具有以下优点：
①琼脂糖含液体量大，可达98％～99％，近似自由电泳，但样品的扩散度比自由电泳小，对蛋白质的吸附极微
②琼脂糖作为支持体有分辨率高、重复性好等优点
③电泳速度快
④透明而不吸收紫外线，可以直接用紫外检测仪作定量测定
⑤区带可染色，样品易回收，有利于制备。
缺点是：琼脂糖中有较多硫酸根，电渗作用大。
琼脂糖凝胶电泳对核酸的分离作用主要依据它们的分子量及分子构型，同时与凝胶的浓度也有密切关系。
核酸构型与琼脂糖凝胶电泳分离的关系
不同构型的DNA在琼脂糖凝胶中的电泳速度差别较大。在分子量相当的情况下，不同构型的DNA的移动速度次序如下：共价闭环DNA（简称cccDNA）＞直线DNA＞开环的双链环状DNA。
