RNA 电泳可以在变性及非变性两种条件下进行。非变性电泳使用1.0%--1.4%的凝胶，不同的RNA 条带也能分开，但无法判断其分子量。只有在完全变性的条件下，RNA 的泳动率才与分子量的对数呈线性关系。因此要测定RNA 分子量时，一定要用变性凝胶。在需快速检测所提总RNA 样品完整性时，配制普通的1%琼脂糖凝胶即可。
一、RNA 的非变性琼脂糖凝胶检测
实验材料、器具及药品
样本的总RNA 溶液。电泳仪，电泳槽，电子天平，移液器，枪头，微波炉，紫外透射检测仪等。琼脂糖，1XTAE 电泳缓冲液，0.5μg/ml溴化乙锭(EB)10X 载样缓冲液。
实验步骤
(1)用1×TAE 电泳缓冲液制作琼脂糖凝胶，加1×TAE 电泳缓冲液至液面覆盖凝胶。
(2)在超净工作台上，用移液器吸取总RNA 样品4μl 于封口膜上。在实验台上再加入5μl 1×TAE 电泳缓冲液及1μl 的10X 载样缓冲液，混匀后，小心加入点样孔。
(3)打开电源开关，调节电压至100V，使RNA 由负极向正极电泳，约30min 后将凝胶放入EB 染液中染色5min,用清水稍微漂洗。在紫外透射检测仪上观察RNA 电泳结果。
二、RNA 的变形琼脂糖凝胶检测
1.试剂：
(1)MOPS 缓冲液(10*):0.4mol/L 吗啉代丙烷磺酸(MOPS) (Ph7.0)，0.1mol/L NaAc, 10mol/L EDTA。
(2)上样染料：50%甘油，1mmol/L EDTA ,0.4%溴酚蓝，0.4%二甲苯蓝。
(3)甲醛。
(4)去离子甲酰胺。v 电泳槽清洗：去污剂洗干净(一般浸泡过夜)——水冲洗——乙醇干燥——3%H2O2 灌满——室温放置10 分钟——0.1%DEPC 水冲洗。
2.操作：
(1) 将制胶用具用70%乙醇冲冼一遍，晾干备用。
(2) 配制琼脂糖凝胶。
①称取0.5g 琼脂糖，置干净的100ml 锥形瓶中，加入40ml 蒸馏水，微波炉内加热使琼脂糖彻底溶化均匀。
②待胶凉至60--70 ℃，依次向其中加入9ml 甲醛、5ml 10X MOPS 缓冲液和0.5ul 溴化乙锭，混合均匀。
③灌制琼脂糖凝胶。
(3) 样品准备：
① 取 DEPC 处理过的500ul 小离心管，依次加入如下试剂：10x MOPS 缓冲液2ul，甲醛3.5ul,甲酰胺(去离子)10ul，RNA 样品 4.5ul,混匀。
② 将离心管置于60℃水浴中保10 分钟，再置冰上2 分钟。
③ 向管中加入3ul 上样染料，混匀。
(4)上样。
(5)电泳：电泳槽内加入1XMOPS 缓冲液，于7.5V/ml 的电压下电泳。
(6)电泳结束后，在紫外灯下检查结果。
