CosMx SMI是一种全新的空间转录组/蛋白质组检测技术,相较于传统空间分子检测技术,其分辨率可达亚细胞水平,且靶标数量众多。关于CosMx SMI实现全转录组18000+基因检测的相关信息,可以归纳如下:
一、CosMx SMI技术概述
CosMx SMI技术结合了宽视场光学、低容量微流控技术、抗体标记的细胞形态识别以及自适应计算算法,能够提供超高单细胞灵敏度和单细胞空间精度。其通过原位成像方式即可实现全面的全转录组覆盖和单细胞分辨率,是空间转录组学领域的重要里程碑。
二、CosMx SMI检测能力
1.高分辨率与高通量:CosMx SMI能够在单分子分辨率下检测全转录组,实现高分辨率与高通量的数据输出。
2.广泛适用性:该技术广泛适用于各种组织类型,包括难以处理的FFPE组织等。
3.高动态范围:CosMx SMI在转录本检测上具有高动态范围,能够准确反映组织细胞组成。
三、CosMx SMI全转录组检测
1.检测基因数量:CosMx SMI技术的最新版本,即CosMx Whole Transcriptome(WTx),能够在CosMx空间分子成像仪(SMI)上以单分子分辨率检测超过18000种人类编码基因。
2.细胞分割与识别:该技术结合图像分析算法进行细胞分割,能够准确识别并定位单个细胞的空间转录组信息。
3.应用案例:
在结肠、胰腺、皮肤、肾脏、乳腺、大脑等多种人体FFPE组织样本中,CosMx WTx成功实现了以单细胞分辨率捕获基因表达。
在结直肠癌组织样本中,CosMx WTx检测到的转录本数量和基因分布更加均匀,优于传统的单细胞RNA测序技术。
四、CosMx SMI技术的优势
1.无需解离组织:与单细胞RNA测序技术相比,CosMx SMI无需解离组织,从而保留了空间信息,避免了因解离过程中细胞环境破坏而导致的空间信息丢失。
2.多重检测能力:CosMx SMI技术显著提升了多重检测能力,能够覆盖全转录组,弥补了传统技术的不足。
3.高性价比:结合组织芯片(TMA)技术,CosMx SMI能够在一张切片上同时展示不同病理、不同组织部位中细胞分布特征和转录组/蛋白质组表达模式,样品通量高、实验误差小,减少了大量玻片的制备工作,降低了成本。
综上所述,CosMx SMI技术以其高分辨率、高通量、广泛适用性、高动态范围以及无需解离组织等优势,在单细胞和空间转录组测序领域取得了显著进展。其全转录组18000+基因检测的能力为生物医学研究和诊断提供了新的工具和方法。